「母子保健法施行規則の一部を改正する省令案」に関する意見の募集
　（意見・情報受付締切日 2011年12月09日）

これだけでは、ちょっとわかりにくいかも。

薬事日報で記事を配信しています。

【厚労省】来年度から母子手帳の様式変更
（薬事日報 HEADLINE NEWS 11月11日）
http://www.yakuji.co.jp/entry24804.html

個人的には、最後のワクチンの記録こそ、行政でデーター管理して欲しいと思います。（研究までですよね？もしもう決まってたらすみません。）

（これまでの）母子健康手帳の様式（省令様式部分）
http://www.mhlw.go.jp/shingi/2002/01/s0115-2a.html

確かに「健康の記録」であって、育児の記録ではないですね。

父親の育児参加を促すのであれば、まず、「母子健康手帳にお父さんもたまに目を通して下さいね」と、子どもの健康に関心を持ってもらえばいいと思いますね。

自治体によっては、副読本や父親向けの冊子（手帳）が作られ、母子健康手帳の交付時に配布もされているので、これを親子手帳にした方がいいかも。

父子手帳 お父さんの 子育てメモリー （愛知県）
http://www.pref.aichi.jp/kosodate/fushitecho/fushitecho.htm

地元栃木県でも「父子手帳」の名前で配布されています。

父子手帳の発行（全国知事会先進政策バンク）
　　→リンク（リンク先が切れているので、下記サイトのページを参考を）

父子手帳（あしかが子育て応援ネット・子育てガイドWEB）
http://ak-ouen.net/guide/ninshin/hushi_tetyou
　（このWEBサイトは個人的に作成に協力しています）

そもそもは妊産婦手帳って歴史を知ってるから、このように思うのかもしれませんが。
でも、手帳名も「母子・健康・手帳」なんで、健康の記録であって、男性の育児参加を云々は、何かが違う気がします。
業者さんの商売に乗って、どんどん機能を増殖しててもキリがないと思います。
このまま際限なくやってると、今にとっても分厚い手帳を携行しないといけなくなりそうです。（そのうち電子化でしょうけど）

男性が育児に参加するのが当たり前になったから、こんな話が出てくるんでしょうけど。
男性には出産（授乳）ができないんですから、やはり母子手帳として区別をして、まずは母親の自覚をきちんと持って頂く方が重要だと思います。